在庇护所管理中，玩家可能遭遇不同危机，需妥善安排资源、运用策略，并具备应急能力。需合理布局庇护所设施与居民，制定应急方案，迅速应对灾难，确保居民安全与资源稳定。通过明智决策和行动，玩家可保障庇护所免受灾害侵扰，维持正常运作与舒适环境。
游戏中可能会有外来势力或野生生物的袭击，对庇护所造成威胁。玩家需要组织居民进行防御，保护庇护所安全，在门口的位置设置高武力的居民镇守可以解决像强盗入侵或者是其他野生生物袭击的灾害。还有火灾，可能在庇护所内部的房间蔓延，会造成人员伤亡和资源损失。玩家可以安装灭火器设备或培养具备灭火技能的居民来应对火灾。
蟑螂会导致庇护所内部出现食物污染，如果解决得不及时还会有不同房间之间灾害蔓延的情况产生。影响居民的生活和健康，一些小孩和孕妇在遇到蔓延性灾害的时候还会乱窜甚至造成居民去世等严重的后果。玩家需要派遣居民进行清扫和治疗，以减轻虫患带来的影响，在每个可能有蟑螂入侵的房间都需要均匀分配一下高武力值的居民及时在问题苗头上麦那解决问题。
辐射灾害对居民健康构成威胁，玩家需积极应对。封闭受辐射区域，限制居民进入，避免辐射伤害。同时，可放置辐射减缓设备，如净化器，降低辐射水平。对于受辐射的居民，应及时送医治疗，康复其健康。此外，建设防辐射设施，如遮蔽室或防护服，减少辐射对居民的影响。若辐射源于泄漏，应迅速修复，防止辐射扩散。同时，调整人员分布，避免受辐射区域人员过度接触。设置辐射检测设备，实时监测辐射水平，及时应对。
